2016年夏天，约翰·斯通斯从埃弗顿转会曼城，成为佩普·瓜迪奥拉上任后的首批引援之一。这位脚下技术出众的中后卫不仅防守稳固，还在三冠王赛季中扮演了进攻发起的关键角色，被公认为世界顶级球员。以下是他曼城生涯的赛季回顾。
2016/17赛季：斯通斯在加盟后第四天便完成首秀，与科拉罗夫搭档中卫，主场2比1战胜桑德兰。三天后，他在欧冠资格赛客场5比0大胜布加勒斯特星的比赛中迎来欧战首秀。前10次出场曼城全胜，但该赛季曼城未能夺冠，这也是斯通斯曼城生涯唯一无奖杯的赛季。他的首粒进球来自足总杯第三轮客场5比0胜西汉姆联，并在与摩纳哥的5比3进球大战中也有斩获。该赛季出场41次（27场英超、7场欧冠、4场足总杯、2场欧冠资格赛、1场联赛杯），进球2个。
2017/18赛季：曼城成为首支单赛季积分破百的英超冠军，斯通斯首次捧起联赛冠军。伤病影响了他的出场，但他在欧冠对阵费耶诺德和那不勒斯的比赛中攻入3球。瓜迪奥拉曾在赛后发布会上称赞这名后卫“比在场所有人更有个性”。夏天他助力英格兰闯入世界杯四强。该赛季出场29次（18场英超、5场欧冠、4场联赛杯、2场足总杯），进球3个，收获联赛杯和英超冠军。
2018/19赛季：曼城完成国内三冠王，斯通斯再次成为关键一员。与利物浦的冠军争夺持续到最后一轮，而1月直接对话中斯通斯的门线解围经技术确认仅差毫厘未过线，成为赛季转折点。该赛季出场39次（24场英超、6场欧冠、5场足总杯、3场联赛杯、1场社区盾），收获社区盾、联赛杯、英超和足总杯冠军。
2019/20赛季：伤病和新冠疫情使这成为他曼城七年间最艰难的赛季。高光时刻是在赛季停摆前，他首发帮助球队在温布利联赛杯决赛中击败阿斯顿维拉。该赛季出场24次（16场英超、3场足总杯、3场联赛杯、1场欧冠、1场社区盾），收获社区盾和联赛杯。
2020/21赛季：斯通斯入选PFA年度最佳阵容，助曼城赢得英超和联赛杯双冠。联赛杯半决赛首回合客战曼联，他在老特拉福德进球。欧冠最后6场他全部出战，但决赛0比1不敌切尔西。夏天他随英格兰闯入欧洲杯决赛，期间创下后卫连续5场零封的纪录，打破博比·摩尔保持了55年的纪录。该赛季出场35次（22场英超、11场欧冠、1场联赛杯、1场足总杯），进球5个，收获联赛杯和英超冠军。
2021/22赛季：斯通斯续约至2026年，他说：“这里是我踢球和实现抱负的最佳地方。”赛季末曼城再次在最后一天力压利物浦夺冠。该赛季出场27次（14场英超、8场欧冠、4场足总杯、1场联赛杯），进球2个，收获英超冠军。
2022/23赛季：斯通斯在中后卫、边后卫之间灵活切换，为曼城完成三冠王伟业做出卓越贡献。该赛季出场34次（23场英超、8场欧冠、2场足总杯、1场联赛杯），进球3个，收获英超、足总杯和欧冠冠军。