2026年世界杯充满了兴奋，也伴随着争议。虽然比赛精彩纷呈，但场内外争议不断。从场上判罚（VAR反复介入引发争议）到场外的签证问题，几乎每个环节都伴随着争论。FIFA介入处理了一切，甚至包括天气因素，但其决策有时令人费解，也招来了不少批评。以下是本届世界杯开赛以来出现的几大争议。
争议从赛前就已开始：索马里裁判奥马尔·阿尔坦被拒绝入境美国。原因是特朗普政府收紧移民政策——2025年签署的旅行禁令禁止包括索马里在内的近40个国家公民入境美国。阿尔坦是一位在非洲多项高级别赛事中执哨的资深裁判，最终被迫回国，但受到了支持者和政府官员的欢迎。他原本可能成为首位执法世界杯的索马里裁判。FIFA对此表示，与往届世界杯一样，签证事宜由东道国决定，主席詹尼·因凡蒂诺称他们“无法控制一切”。（FIFA后来支付了阿尔坦的全额报酬。）
伊朗国家队则陷入了在美国参赛的尴尬境地——美国当时正与伊朗处于敌对状态。伊朗最初计划将大本营设在亚利桑那州，但因担心签证问题，改至墨西哥蒂华纳。虽然球队最终得以入境美国，但多名教练和后勤人员的签证申请被拒。伊朗在小组赛的三场比赛均在美国进行（两场在洛杉矶，一场在西雅图），每场比赛后球队必须立即返回蒂华纳。伊朗1比1战平埃及后，队长迈赫迪·塔雷米透露，因凡蒂诺在首场小组赛后曾到更衣室安抚球队，承诺情况会好转。但塔雷米表示，整个赛事期间没有任何改变。“这是一届糟糕的世界杯，”塔雷米说。最终伊朗因小组赛连续运气不佳，以一场之差无缘淘汰赛。
FIFA规则禁止国家与球迷展示政治元素，但执行过程中引发了争议。赛前，海地被要求修改球衣——球衣上印有海地革命最后阶段“韦蒂埃之战”中战士举旗的图案，这场战役导致了1803年海地独立。FIFA认为该图案过于政治化，海地发言人称之为“误解”。伊朗部分球迷试图携带革命前的旗帜（中心为金色狮子和太阳 emblem）入场，但许多旗帜在入口被没收，FIFA以此作为政策执行的一部分。阿根廷则似乎在试探这一政策边界：在击败英格兰后，球队举起了一条涉及福克兰群岛（马岛）的横幅，该群岛目前由英国控制。截至目前，FIFA并未对阿根廷进行处罚。
另一个争议点是补水暂停。这一安排遭到球员和教练的普遍批评。每半场中段的3分钟暂停（也为转播商提供了额外广告时间）从一开始就遭到现场球迷的嘘声。挪威主帅斯托莱·索尔巴肯称其“毫无必要”，法国主帅迪迪埃·德尚说这让比赛“几乎变成了四节”。荷兰队长维吉尔·范迪克表示自己不太喜欢电视转播中的商业暂停，并补充说FIFA最好“每场比赛单独评估”是否需要暂停。随着赛事推进，天气愈发炎热（如英格兰对阵挪威的四分之一决赛在迈阿密一个闷热的夜晚进行），补水暂停开始受到欢迎。但在室内球场、凉爽气候或无阳光的傍晚进行的比赛中，冷却暂停仍遭冷遇。