欧足联主席亚历山大·切费林没有出席阿根廷与西班牙的世界杯决赛，以此表达对国际足联的抗议。这位斯洛文尼亚人虽然前往墨西哥城观看了揭幕战（东道主墨西哥与南非的比赛），但在周日却拒绝前往新泽西州，原因在于国际足联做出的一系列决定。
欧足联此前对美国前锋福拉林·巴洛贡因美国总统唐纳德·特朗普干预而逃脱禁赛一事反应强烈，这也是切费林决定不出席决赛的关键因素。当时欧足联批评国际足联的决定“前所未有、令人费解且毫无道理”。欧足联在一份声明中表示：“当规则不再由其守护者保证确定性时，比赛的完整性岌岌可危，赛事的可信度也会受到损害。”
切费林还强烈反对国际足联主席詹尼·因凡蒂诺推动的许多其他变革，包括中场休息表演。这一表演将原本15分钟的中场休息延长至27分22秒，麦当娜、防弹少年团、夏奇拉和贾斯汀·比伯等流行巨星曾参与演出。欧足联明确表示，不会将此类表演引入欧冠联赛或欧洲杯。
此外，欧足联也强烈反对64支球队的世界杯赛制，因凡蒂诺在本届赛事期间曾对此表示开放态度。在裁判奥马尔·阿尔坦被拒绝入境美国后，欧足联邀请这位索马里裁判执法8月12日巴黎圣日耳曼对阵阿斯顿维拉的超级杯比赛。高昂的门票价格也在欧足联内部引发争议。欧足联将基本冻结2028年欧洲杯的门票价格——这意味着球迷可以以今夏美国世界杯一个停车位的价格买到五张欧洲杯门票。
据BBC体育周五报道，欧足联已指示其VAR裁判不要像国际足联在本届世界杯上那样，依据新的“认错人”协议考虑假摔。这一规则导致瑞士前锋布雷尔·恩博洛在四分之一决赛输给阿根廷的比赛中被罚下。在欧足联的赛事中，球员在与对手发生冲突时捂嘴也不会直接被出示红牌。捂嘴问题在2月本菲卡边锋詹卢卡·普雷斯蒂安尼与皇马球员维尼修斯说话时掀起球衣后引发关注，后者被指控种族歧视并遭临时禁赛一场。经欧足联调查，普雷斯蒂安尼因同性恋行为被禁赛六场（其中三场缓刑）。
红牌规则的变化是因凡蒂诺的构想，他希望在本届世界杯上产生“震慑效果”。巴拉圭的米格尔·阿尔米隆成为首位因此被罚下的球员，他在小组赛对阵土耳其的比赛中染红。阿森纳后卫皮耶罗·因卡皮耶则在厄瓜多尔1/8决赛输给东道主墨西哥时吃到红牌。